Die primären Geschlechtsmerkmale der Krebse liegen ventral, also auf der Bauchseite. Die Tiere müssen demnach zur sicheren Bestimmung auf den Rücken gedreht werden. Am besten geschieht das, indem man das Tier fest am Carapax (Kopfpanzer) fasst. Achtung, der Fluchtreflex der Krebse besteht in heftigem Schwanzschlagen – nicht erschrecken oder gar loslassen!
Wer sein Tier nicht gern in die Hand nehmen möchte, kann es alternativ auch in ein Gefäß mit Glasboden setzen und so seine Unterseite anschauen. Am besten macht man ein Foto – so kann man in Ruhe nachschauen, ohne das Tier zu sehr zu stressen.
Bei manchen Krebsen kann man das Geschlecht auch anhand anderer Merkmale erkennen.
Männliche Krebse der Gattung Cherax und der Untergattung Astaconephrops (wie beispielsweise Cherax quadricarinatus, Ch. lorentzi und viele andere) besitzen rote oder weiße Scherenblasen – männliche Krebse der Untergattung Cherax (wie beispielsweise der Cherax peknyi und der Ch. destructor) haben diese Blasen allerdings nicht.
Männliche Procambarus besitzen längere und schlankere Scheren als die Weibchen, bei Cambarellus sind die Männchen schlanker und weniger robust gebaut.
Eine wirklich zu 100% sichere Geschlechtsbestimmung ist aber tatsächlich nur durch einen Blick auf die Ventralseite möglich.
Alle weiblichen Flusskrebse haben Geschlechtsöffungen (Gonoporen) am 3. Beinpaar, wobei die Scheren als 1. Beinpaar gezählt werden.
Männliche Krebse der Familie Parastacidae, zu denen beispielsweise die Gattung Cherax gehört, haben keine Gonopoden, sondern Gonoporen am Ende des letzten, also des 5. Beinpaares.
Bei männlichen Astacoidae, den Flusskrebsen, sind die ersten beiden Schwimmbeinpaare zu Gonopoden umgebildet.
Bei amerikanischen Flusskrebsen (u.a. Cambarellus, Cambarus, Procambarus, Orconectes) besitzt das Weibchen zusätzlich zu den Gonoporen noch eine kleine Erhebung zwischen dem 4. und 5. Schreitbeinpaar, den sogenannten Annulus ventralis. Hier wird das Sperma bis zur Befruchtung gespeichert.