Im Aquarium fällt laufend organischer Abfall in Form von Eiweißverbindungen an (Futterreste, Pflanzenreste, Tierkot und so weiter). Aus diesen Eiweißverbindungen entsteht zunächst einmal NH4 (Ammonium) und bei pH-Werten über neutral (also über 7,5) auch Ammoniak (NH3). Ammoniak ist sehr giftig für die Wassertiere in unseren Becken!
NH4 respektive NH3 wird von sogenannten Nitritbakterien (Nitrosomonas, Nitrosospira, Nitrosovibrio, Nitrosolobus und Nitrosococcus) abgebaut zu Nitrit (NO2). Nitrit wird dann seinerseits von der nächsten Bakterienklasse, den Nitratbakterien (Nitrobacter, Nitrospira, Nitrospina, Nitrococcus) zu NO3 (Nitrat) verstoffwechselt. Nitrat ist ein relativ harmloser Stoff für Fische, bei Garnelen kann er bei höheren Konzentrationen (ca. 40 bis 50 mg/l bei Teichgarnelen, ca. 20 mg/l bei Bachgarnelen) zu Häutungsschwierigkeiten führen.
In einem laufenden Becken sind die Bakterienzahlen an die anfallenden Stoffmengen angepasst, normalerweise wird man da außer beim Endprodukt Nitrat also kaum eine Erhöhung entdecken.
In einem frischen Becken müssen sich die Bakterien erst einmal vermehren, daher kann man zu Beginn der Einlaufzeit erst einmal erhöhte Ammonium/Ammoniakwerte feststellen (der erste Peak – englisch für Gipfel, Spitze). Die Nitritbakterien vermehren sich, die diese Stoffe abbauen können. Dabei entsteht vermehrt Nitrit (NO2). Das ist dann der besagte Nitritpeak. Die Nitratbakterien, die Nitrit verstoffwechseln können, vermehren sich nun und bauen diesen Stoff ab zu Nitrat.
Das Nitrat wird am besten per Wasserwechsel aus dem Becken entfernt. Pflanzen verbrauchen es zwar auch (ebenso wie Nitrit und sogar Ammonium), aber es können hohe Konzentrationen im Becken entstehen, die den Tieren definitiv Probleme machen können.